有50%的婴儿在确诊后存活12个月，不足12月龄的卡氏肺囊虫肺炎患儿的一年存活率仅为30%；年长卡氏肺囊虫性肺炎患儿为48%；其他病情的年长儿为72%.这些发现在性质上与不同临床中心调查的结果相一致。

临床表现的特征出现在儿童组早期，通常在4～8月龄的婴儿中出现包括卡氏肺囊虫肺炎、消瘦综合征和脑病等症状。在表现较早及较迟的婴儿中都会出现从持续性中耳炎直至重型细菌性脑膜炎或肺炎。在机会性感染中婴儿艾滋病患者与成人患者不同之处是婴儿艾滋病患者细菌性感染十分多见，而卡波济氏肉瘤较成人少见。